南山元知南藥創新研究院由廣東省鐘南山醫學基金會，廣州呼吸健康研究院，元知科技醫療，新南方集團合作共建，同時設立國家呼吸醫學中心和國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心南藥創新分中心。

研究院由中國工程院院士鐘南山任研究院名譽院長，中國工程院院士、澳門科技大學校長劉良任研究院學術委員會主席，廣州呼吸健康研究院院長何建行教授任研究院院長。

研究院于2020年7月16日在廣州揭牌成立，主要開展以南藥為核心的創新藥物研究，基于中醫南藥的肺癌、呼吸道感染及慢性呼吸道疾病創新藥研發為科研重點，研發創新藥物及新型呼吸大健康產品；同時運用人工智能、大數據和互聯網技術推動臨床應用的創新。

研究院還牽頭召開創新南藥論壇，成立科研創新聯盟，搭建集合國際頂尖學者的中醫藥科研學術交流平臺，開展科研學術交流及人才培養。